這次西部開發不同於以往的最大特點，就是在開發的同時必須搞好生態環境的保護和建設。這包含著對生態環境價值的深刻理解和認識，也包含著破壞生態環境惡果的慘痛歷史教訓。在開發之初，深刻認識西部環境特性，在全面認識的基礎上，確定正確的西部生態環境保護與建設原則，對避免開發中產生新的環境破壞，再造山川秀美的新西部將是至關重要的。
一、西部面積遼闊，生態多樣，千差萬別，各具特色。因地制宜，區別對待是西部生態環境保護建設必須堅持的基本原則之一。
西部包括陝、甘、寧、青、新、雲、貴、川、藏、重慶十個省區市，約佔國土面積的52%，人口的23%。如果加上內蒙、廣西，則佔國土面積68%，人口的25%。這裡有世界最高的高原——青藏高原，有世界最高的山峰——珠穆朗瑪峰，有世界最大的峽谷——雅魯藏布大峽谷；有從熱帶雨林到高寒山地的各種植被；有高山峽谷、冰川雪原、荒原沙漠的各種自然景觀；有多種此處獨有的珍稀奇特物種。西部各地不僅地貌形態、自然景觀各不相同，社會經濟開發程度也大相徑庭，存在的問題也不盡相同。因此，在西部生態環境保護建設中必須因地制宜，區別對待，分清主次，擇要而從，以便集中有限的財力，在有限的時間內，達到一定的目標，產生出預期的效益。這既是國力所要求，也是經濟規律所要求。
由於西部面積遼闊，交通不便，目前絕大部分地區尚缺乏開發的條件和適宜的開發方式。因此，對於一些重要的、敏感的區域必須設立生態環境保護區，實施搶救性保護或強制性保護，如對具有生物多樣性資源的地區、江河源頭區，以及其它具有重大科學價值或對全域性有重大影響的地區；對一些目前生態環境比較好的地區，可以建立一批以生態環境保護和建設為主要目標的生態特別縣，以發揮其生態功能，作為構成重建山川秀美的基礎；對於礦產資源豐富，且具有開發條件的地區劃定礦產資源開發區，同時開徵資源開發生態恢復補償費，使之在開發的同時搞好生態環境的恢復和建設；建立水資源費和水資源保護節約獎勵費制度，以促進節水社會的形成。
二、西部生態環境脆弱，初級生產力低下，目前尚不能容納較多的人群，必須堅決杜絕盲目的移民開發，堅持開發與保護並重，保護優先的原則。
我國西部處於平均高程800-XX米和XX-4000多米的兩大臺階及其銜接區，屬於生態環境脆弱帶任(eeotone)，有生物多樣性豐富的特點，也有抗干擾能力差、破壞後難於恢復的弱點，也是我國環境災難，如地震、山崩、滑坡、泥石流、水土流失、霜凍、冰雹、大風、乾旱、洪水、雪崩、凍土、森林火災以及病蟲鼠害等最嚴重的地區。除了少數小塊地區之外，大部分土地農業生產潛力在50公斤/畝以下，僅相當東南沿海平原地區的六十分之一。由於自然生產力低下，目前環境人口容量很小。黃土高原區每平方公里以7-8人為宜，西部荒漠草原每平方公里的土地承載力不會超過2-3人。因此，必須堅決反對大量人群的盲目流入。中外開發歷史證明，單靠移民開發沒有成功的。日本從明治維新第2年(1869年)開始北海道的移民開發，直到1995年北海道仍然是日本最落後的地區。巴西為了開發中西部，不惜將首都從海濱城市裡約熱內盧遷之內地巴西利亞，並以縱貫全國的公路帶動城鎮進行移民開發，結果也是失敗的。中國從明清就開始在西部邊疆屯墾戍邊，開發建設達數百年之久，而西部落後依舊。從生態學的觀點看，西部無論是瑰麗多姿的熱帶風光，還是蒼涼悲壯大漠風情，都是億萬年來自然神奇造化之工賜予人類的財富。它們將以其稀有性、瀕危性、特異性而身價與日俱增，並將越來越受到人們的重視，其經濟前景也是必然的。從發展的觀點看，稀有、瀕危、特異的環境資源，將隨著時間的推移日見稀缺，對它們的爭奪也日益激烈，特別是生物工程學科的發展與領頭地位的確定，生物資源在未來國際競爭中將起舉足輕重的作用。因此，相對落後地區的發展一定要優先考慮稀有、瀕危、特異經濟資源的保護。反對急功近利，立足長遠，堅持開發與保護並重，保護優先的原則對脆弱的西部環境尤為重要。對生態環境異常脆弱的地區來說，情況不清，沒有把握時，維持現狀是最好的保護。西部一些脆弱的生態環境至今未被破壞，人口少以及人類活動少是重要原因。
三、堅持開發保護，保護為開發的總原則，摒棄舊的落後的傳統作法，代之以高技術為支撐，市場經濟為導向的西部生態環境保護建設的新思路。
在近五千年的人類文明史中，發展的不平衡現象始終存在。不平衡現象不僅顯示在不同的地區，也顯示在同一地區的不同歷史發展階段，說明自然環境與時代的主體經濟形式和主體經濟要素之間有著某種適應。
據有關方面研究，中國各地的猿人與智人的棲息地均具有明顯的圍合特徵和地帶交錯的邊緣特徵，以適應他們微弱的生活能力和生產水平。農業文明往往發生在大江大河的平原流域，和農業文明同時的牧業文明則都發生在北部草原。到了商品時代，繁榮首先在城市和港口出現。工業革命之後，體現技術的工業、城市、交通、市場等因素成了工業經濟發展的基礎，於是經濟發達的地區也由內陸平原向沿海、沿江、沿邊地區轉移。中國改革開放以來，東西部地區也由內陸平原向沿海、沿江、沿邊地區轉移。中國改革開放以來，東西部的貧富逆轉，差距日大，就是經濟形式對地域環境選擇的最好例證。經歷了農業、工業時代以後仍然落後的西部，向我們只說明一個問題：西部開發與保護必須摒棄不適合新時代主體經濟的舊的、落後的傳統作法。
辯證法告訴我們：任何事物都具有兩重性。強與弱，優與劣都是相對的，也是可以轉化的。譬如西部沙漠地區，從生態的觀點看，沙漠是最不適合生產存在的地區，因為沒有水，但是沙漠地區並不缺少生命所必須的光和熱，缺少的僅僅是水。如果通過高技術解決了生命所需要的水，由於沒有汙染，沙漠將會變成生產力最高的綠色產業基地。
再如荒漠草原。“大漠孤煙直，長河落日圓”，這膾炙人口的千古絕唱唱出了西部蒼涼悲壯的荒涼美，也唱出了荒涼的價值。荒涼也有價值，特別是當人們整天生活在越來越多的人工建築和人工生態環境中，人們越來越渴望返璞歸真，迴歸大自然的今天和明天，當荒涼越來越少的時候，建設一批具有獨特景觀價值，適宜旅遊開發的景點群，也是對西部生態環境的一種保護方式。一言蔽之，西部開發與保護必須有新的思路，新思路必須體現高技術為支撐，市場經濟為導向的新時代經濟特徵。
四、西部環境問題複雜，研究工作薄弱，應遵循認識——實踐——再認識——再實踐的馬列主義原則，堅持科技導向，認識先行，認識不清的決不盲目蠻幹的原則。
現代環境問題可以追溯到工業革命，但真正意義的環境科學卻只誕生在20世紀中期。環境問題的複雜性，人類行為影響環境變化響應的滯後性，從而導致人類認識滯後的重要原因之一，加上急於發展的功利思想，更增加了環境保護的困難性。例如本世紀50年代人們已經觀察到大氣臭氧減少，70年代大氣臭氧減少加快，科學家提出了人工合成滷代烷烴破壞臭氧層的問題，直到80年代中期才有第一次保護臭氧層的國際協議。今天，臭氧層破壞已成為不爭的事實，有些結果比人們預料的還要嚴重得多，保護臭氧層決策的正確性也毋庸置疑。但在採取一致行動方面，由於各自利益的關係，仍然存在不少困難。一個正確的認識及其決策尚且如此，錯誤的認識和盲目的決策，其後果可想而知。
譬如黃河泥沙問題。自先秦以來黃河就有“三年兩決口，百年一改道”的記載，黃河成了中華民族的心腹之患。治理黃河泥沙也形成了分疏論、改道論、束水攻沙論、旅淤固堤論、蓄清刷黃論等多種學派，反映了中華民族在治理黃河泥沙方面的努力。風化剝蝕，自然常態，水流搬運，自然規律。正因為如此，河口淺海才成了生態資源最豐富、人群最集中、經濟最發達的地區。如果降雨全部攔截，泥沙原地不動，則聚集了全球60%的人口、全球90%的捕魚量和沉積礦物的海岸海洋帶絕對不是現在的樣子。這裡有一個泥沙攔截度的問題，也有一個上下游的綜合平衡問題。
緩慢的漸變是環境特點之一。西部乾旱地區的湖泊萎縮、解體、消亡的事例久已有之。但可可西里自然保護區的苟仁錯湖，90年代還有23.5平方公里的水面，平均水深1.3米，不到XX年竟至完全乾涸，卻是絕無僅有。如果說近30年來，全國湖泊數量減少了450個，長江流域通江湖泊減少了將近一半與人類的錯誤行為有關，可這裡是人跡罕至的高原荒漠。再如黃河源頭瑪多縣4000多個湖泊，在不到50年的時間裡消失了1000多個，這裡也是人跡罕至的高原荒漠。凡此等等，類似的例子還很多。西部環境問題的複雜性，於此可見一斑。西部生態的脆弱性，環境的惡劣性，問題的複雜性，開發困難性。以往認識上的不足，以及適宜知識經濟時代開發與保護方式的探索，環境經濟協調途徑的尋求，西部不同地域單元特殊性問題的特殊處理方法等等都需要加強科學研究。加之西部地區科學研究工作薄弱，更應堅持科技導向。認識先行，認識不清的決不盲目蠻幹的原則。
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