一、出勤資料作業：薪資作業人員在這個階段的主要工作在將員工當月份出勤資料收集、出勤異常處理、加班處理等作業完成。若公司有其他不同計薪方式的員工，則應該同時作業，將所有員工的出勤紀錄計算清楚，以作為薪資計算的基礎。這個階段應該要確實要求所有出勤異常處理以及加班處理的實時性及準確性，並且為了作業的時效性，人資部門最好訂定有每月出勤資料申報期限的最後期限，不然每個月初，薪資作業人員就要到處追著員工辦理出勤異常的處理，或是加班記錄的申請等，耽誤了發薪日期，員工可是不會體諒的。
二、薪資計算作業：這個階段主要在將確認過後之出勤資料進行薪資計算作業；雖然基本上，加班費計算或是請假的扣薪等計算方式，都有一定的規定，但是每個公司可能還是會有一些“特別”的計算方式，薪資作業人員必須清楚瞭解各項加減新的計算方式，並且要確認薪資計算的正確性以及完整性。不過現在由於計算機技術的發展，這個部分的工作大多交由軟體處理，因此只要一次的設定工作，日後就可以完全依靠計算機的處理。因此在薪資管理的規定中，最好不要在薪資計算的過程中，加入過多的需要“人為”判斷的流程，否則有可能會增加軟體程式設計的複雜度，甚至有可能必須計算機作業完畢後，還需要人工的調整作業。
三、薪資資料核准流程：當薪資作業人員將所有員工的薪資計算清楚並且確認後，下一步就是將資料送籤核。一般來說，為了顧及“薪資保密”的原則，人事部門將薪資計算結果整理成報表後，都會由薪資作業人員親自將資料“面送”主管稽核簽字，而會經過的主管也以人資部門主管及總經理為主，其他部門基本上不需要看，不過有些公司為了財會部門準備發新的現金，也需要“知會”一下財會部門主管，不過這時候也只需要將總數或是分部門別整理報表給財會部門，而不需要將所有明細將給財會部門的，如此才能確保薪資資料在核準過程中的保密性。
四、薪資給付作業：現在大多數的公司都是以薪資轉賬的方式處理薪資發放作業，當然這絕對是比較安全與方便的方式。一般來說，財務部門開立薪資轉賬支票後交由薪資作業人員送銀行辦轉帳手續。但是也有的公司，考量財務部門與銀行的關係與資金排程的問題，會由財會部門處理薪資轉賬，只是好不容易做好的薪資保密，有可能會在這裡破功。另外，在這個階段，可能會有必須要發“現金”的問題，這個時候人資部門與財會部門一定要先訂定好可以發現金的條件，以及發現金要經過特別核准的流程，這樣才不會造成弊端，而且避免無謂的人情困擾。
五、薪資作業錯誤更正：當然最好是不需要經過這一項工作，不過如果有錯誤，我們建議還是要能在當月份補正過來，這個時候就必須要有一個補正的核準流程，並且要訂定一定金額以上的補正，需要經過特別的核準流程，這樣才會讓人資部門“認真”處理薪資作業工作。
基本上，人資部門在考量薪資作業的流程時，最重要的一定要考量以下三點，如果這三點照顧到了，大致就不會出錯了。
一、薪資作業流程中，以人資課薪資作業人員為主體，可將責任理清。
二、薪資保密的原則要被充分的考量到。
三、財務部門職責在確認並準備當月應發薪資金額。
薪資發放作業，雖然不是人資部門最重要的工作，但是卻是一般員工最重視，並且人資部門最容易出錯的工作。事先訂定一些作業的規範，並且仔細的檢視，確保各個容易出錯的步驟都檢查過了，人資部門就可以將大部分的時間，放在企業整體人力資源管理規劃的工作上。
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