農業綜合開發專案與其他專案有機整合有利於專案資金優勢互補，有利於減少多頭申報、重複建設和解決多頭管理、分散使用的問題，有利於實現“一步規劃、分步實施、集中連片、持續開發、擴大規模”的目標，有利於切實發揮財政資金的最大效益。從而進一步提高區域範圍內農業綜合生產能力，改善農業基礎設施條件，促進農業生產和農村經濟結構的戰略性調整，為加快全面建設小康社會步伐奠定堅實的農業農村基礎。但在實踐整合工作中仍然存在一些困難和問題。
一、主要問題
(一)資金申報階段
其他專案資金大多需要對上爭取，地方為了爭取上級專案專項資金，需要根據不同的專案管理部門和專案資金性質，對每個專案都要編撰實施方案等申報材料。而農業綜合開發專案與其他專案申報時間又不一致，這就在申報時可能存在不知道其他專案資金有多少，能夠做些什麼。這就使農業綜合開發專案無法與其他專案資金形成很好的優勢互補作用，致使專案實施中可能就存在專案調整或變更。
(二)規劃設計階段
由於整合的資金性質不同，在規劃設計階段可能存在使用的標準就不同。如：公路建設，交通資金的規劃設計使用的是交通部門的標準，其他資金的規劃設計使用的可能就是農機部門機耕道的標準。在概算方面，各專案主管部門使用的概算標準可能不一樣。另外，有的專案需要農戶投工投勞，屬財政補助專案;有的專案又是財政全額預算。這就會造成在今後工程整合發包時，一樣的工程不同的單價，不同的要求。
(三)組織實施階段
1、整合專案實施監督管理要求不一樣。有的專案需要聘請監理(農業綜合開發土地治理專案)，有的專案是要求村組、群眾代表組成監督小組對專案實施進行監督管理。由於監理單位與監督小組的專業、素質不同，在專案監督管理中無法一致。
2、整合專案建設方式可能不一樣。有的專案由工程隊施工，有的專案由農戶自建或村委會委託建設，這就需要專案主管部門和專案實施鄉鎮增加更多的現場技術人員和指導人員。這樣整合專案實施的組織協調困難加大。
3、整合專案實施對農戶的要求不一樣。如：國土整理專案不用農戶自籌，而農業綜合開發專案必須農戶自籌，專案區農戶存在攀比心理，給農業綜合開發專案的實施增加了一定的難度。
4、整合專案實施招投標規定不一樣。有的專案要求農戶投工投勞參與建設，實施“民辦公助”，有的專案要求嚴格按招投標管理規定進行全包建設，這些都會給專案實施和管理帶來較大難度。
(四)驗收報賬階段
1、整合專案驗收確認有一定難度。
有的在整合專案實施時，並沒有明確哪種資金實施哪一部分，可能是把兩種或多種資金合起來做一個工程，但專案驗收又是各個專案驗收各個專案。驗收時就會無法確認各種資金完成的具體工程量。
2、整合專案報賬難度大。
由於是整合資金實施，可能存在一個工程的建設由兩種或多種資金構成，如何實施報賬，在哪種資金中報賬多少，存在一定困難和問題。比如：農業綜合開發專案與其他專案資金整合實施，農業綜合開發專案基建工程需要進行竣工審計，但絕大部分其他專案資金不需要竣工審計，只是通過財政投資竣工結算評審就可以與施工單位進行結算。農業綜合開發專案基建工程竣工審計需要縣級農發機構承擔一定的審計費用，並作為工程成本間接費用列支報賬;而對於整合專案在進行聘請中介機構或審計局進行工程竣工審計時，不可能只審計農業綜合開發專案而不審計其他專案資金投入部分(實際上有的專案也無法分開)，這樣就會多產生審計費用。
二、對策建議
要真正改變財政資金使用分散、效益低下的狀況，就必須加大農業綜合開發與其他專案資金整合的力度，集中財力辦大事，形成規模出效益，實現“開發一片、見效一片”的目標。
(一)高度重視，形成整合機制
1、提高到專案整合的認識。
深入推進專案資金整合，是貫徹落實科學發展觀的客觀要求，是推進財政科學化、精細化管理的重要舉措，是加強財政管理、推進財政改革的重大措施，是做好新形勢下財政工作的迫切需要。特別是縣級政府及相關職能部門，要高度重視，充分認識深入推進專案資金整合的重要性和迫切性，在全面總結經驗的基礎上，進一步提高認識，努力克服對財政資金整合的認識還不到位、一些部門和單位對專案資金整合仍有畏難情緒等困難和問題，積極創新，深入推進專案資金整合工作，形成機制，以保長效。
2、建立健全整合機制。
在整合機制上要做到：一是成立整合機構，落實責任和人員。縣級政府應當成立財政資金整合辦事機構，負責對全縣專案整合工作進行統一協調和組織實施。同時，要明確縣級相關職能部門的責任，按統一要求進行專案整合，確保整合專案實施具有可操作性。二是要明確整合範圍。要根據中央、省、市關於整合專案資金的要求，積極探索農業綜合開發與土地整理、扶貧開發、新農村建設、農村中小型基礎設施建設、農業科技推廣等其它專案資金相互配合、統籌安排的投入機制。三是堅持整合原則。按照“統一規劃、統籌安排、渠道不亂、用途不變、優勢互補、各記其功”的原則，圍繞農業產業化和新農村建設，將各類專案資金捆綁使用，充分發揮各類專案資金互相支援、相互配合的聚合效應，提高專案建設標準和資金使用效益，避免重複投資，避免低水平的重複建設。
(二)統一規劃，分步實施
科學規劃是整合專案資金、實行規模開發的前提和基礎。沒有一個統一的中長期規劃，就很難對財政資金進行統籌安排，就仍然會“各吹各的號、各唱各的調”，整合資金、規模開發就會是一句空話。因此，縣級政府應當對某個區域或哪些鄉鎮發展什麼主導產業，建設哪些基礎設施要有一個統一的規劃。
在農業綜合開發的統一規劃中要堅持“因地制宜、集中連片、科學合理佈局”的原則。一是注重專案區選擇的科學性。在深入調研、認真分析的基礎上，堅持集中連片規模開發、整合專案集約建設的原則，根據基礎條件好、開發潛力大的標準，選定農業綜合開發與其他專案資金有機結合起來的專案區。二是注重專案建設內容的完整性。整合專案區的總體規劃和年度實施方案編制，要按照“圍繞產業搞開發、搞好開發促產業、做大產業促增收”的總體思路，緊緊圍繞提高農業綜合生產能力，增加農業綜合生產效益兩大目標，做到既有基礎設施建設專案，又有高效農業發展社會公共服務專案。三是注重專案工程的互補性。針對國土、交通與農發辦之間專案建設內容交叉、標準不一的實際，對同類工程採取規劃時地點結合、建設時工程互補的辦法進行處理，確保工程標準一致、質量可靠。四是注重專案建設時間的連續性。為真正發揮規模開發效益，規劃時始終堅持大手筆、高起點的原則，實行“滾動開發”、分步實施，而不是“遍地開發”，既有總體規劃，又有年度實施計劃，確保專案區建設時間的連續性。
(三)有序管理，統一實施
1、整合專案要做到有序管理。
對農業綜合開發與其他專案資金整合實施的專案，要落實牽頭部門，避免多頭管理，最終造成無人管理的問題;要形成整合專案實施方案，對整合的各個專案的實施地點、實施內容、資金投入、資金報賬等進一步明確，對專案實施的管理責任進行明確，做到整合專案只有一個牽頭部門，根據實施的內容明確責任人和技術指導人員，確保專案實施有人管理、有序管理。
2、強化專案實施管理。
實行“四個統一”。一是統一質量標準。根據有關行業標準，結合總體規劃，統一規範路、渠等基礎建設專案的工程質量標準，使工程質量管理有章可循。二是統一管理程式。要對每個專案制訂詳細具體的實施方案，要對整合專案實行“一名領導、一套班子、一抓到底”的工作機制，杜絕一個專案多人領導、多人管理。嚴格執行合同管理制、質量監理制，對凡不執行上述規章制度的，或未按規劃設計施工且工程質量不合要求的一律實行“四不”，即不收方、不驗收、不報賬、不劃款。同時，採取現場檢視、臨時抽查和定期檢查相結合的方式，加強技術指導、質量監督和矛盾協調。三是統一竣工驗收。明確了複驗內容，規定複驗程式。縣級複查驗收時，要請紀檢監察、審計、財政、發改以及有關職能部門人員為成員組成的縣級驗收工作小組，對專案工程嚴格統一驗收，凡經複核驗收不合格的一律不予辦理資金結算手續。四是統一建後管護。工程竣工驗收後，統一移交所在鄉鎮、村管理和維護，要求專案所在鄉鎮成立工程管護領導小組、村成立管護委員會，制訂管護制度，明確專人負責，籌措管護資金，進行經常性管護，並鼓勵發展農民用水協會建立長效管理機制，確保專案工程發揮長久效益。
(四)強化資金管理，規範資金報賬
目前，農業綜合開發和扶貧開發資金實行了縣級財政報賬制，其他大部分專案資金實行鄉鎮財政報賬。要進一步完善專案資金管理辦法，規範執行操作，加強了資金執行全過程的監管，提高了財政資金的使用效益。
1、規範管理制度。
要進一步完善專案資金的管理辦法，對報賬核算的範圍、程式、手續等方面進行統一和規範;明確專案資金管理實行專人專賬核算管理制度，專款專用，專賬核算，嚴禁違規列支財政資金。同時，在形成的整合專案實施方案中，要明確各個專案報賬金額的比例。如：一專案整合了兩類資金進行實施，在整合實施方案中就要明確：整合專案要分類報賬。要根據中標金額乘以各類資金預算時所佔的比例，為各類資金報賬時的金額。從而使報賬時有依可循，避免專案資金之間相互擠佔。
2、規範報賬程式。
對專案資金，原則上由財政部門按規定程式直接將資金結算給施工單位或供應商。對報賬手續不規範、支出內容不合規、專案主管部門稽核意見不明確的報賬專案，財政不予報賬。對農民的補助支出按涉農補貼“一折通”要求直接發放到戶。特別是工程竣工後，要由施工單位提出驗收申請，專案實施鄉鎮進行初步驗收，再申請縣級部門進行復查驗收。縣級驗收要由紀檢監察、審計、財政、發改以及有關職能部門人員為成員組成縣級驗收工作小組，並邀請監理單位參與竣工驗收，填制工程驗收單，施工單位報帳時必須做到五有：有申請表、有驗收單、有正式施工發票、有工程預算、工程決算、施工合同，做到程式規範，資料齊全，手續到位，報帳及時。
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